Ante la postura infranqueable del gobierno priista de Enrique Peña Nieto, las madres y padres tuvieron que dar la batalla con el apoyo del Grupo Interdisciplinario de Expertos Independientes (GIEI) para desenmascarar la verdad histórica. En la campaña electoral del 2018, las madres y padres vieron que era una coyuntura propicia para tener un acercamiento con los candidatos con el objetivo de plantear el caso de los 43 estudiantes desaparecidos, como un tema fundamental en este proceso de búsqueda por la verdad y acceso a la justicia. Solamente pudieron formalizar un encuentro público con el entonces candidato Andrés Manuel López Obrador. Establecieron los contactos con el círculo cercano de Andrés Manuel y fue en la ciudad de Iguala donde el actual presidente de la república asumió el compromiso de investigar el caso de los 43 normalistas desaparecidos, atendiendo las recomendaciones del GIEI y el reclamo de justicia de una sociedad agraviada.
Las investigaciones que realizó el GIEI en el 2015 dieron cuenta que la entonces Procuraduría General de la República (PGR) privilegió la línea trazada por Tomás Zerón, que en voz de Murillo Karam concluían que los estudiantes normalistas habían sido asesinados e incinerados en el basurero de Cocula. Ante esta narrativa se desecharon las demás líneas de investigación. Por su parte, las madres y padres de los 43 exigieron al gobierno de Enrique Peña Nieto que retomara cuatro líneas de investigación: la principal que hasta la fecha mantienen está relacionada con la participación del ejército; la segunda línea se enfoca a la telefonía celular; la tercera se centra en la ruta de Huitzuco y la cuarta al trasiego de droga de Iguala a Chicago. El gobierno de Peña Nieto se negó impulsar las líneas de investigación en esa dirección, argumentando que no existían indicios para hacerlo.
El 31 de mayo de 2018, el primer Tribunal Colegiado del Décimo Noveno Circuito de Reynosa, Tamaulipas, dictó una sentencia histórica e inédita en el expediente 203/2018. Uno de las principales resoluciones fue la creación de una Comisión de Investigación para la Verdad y acceso a la Justicia sobre el caso Ayotzinapa, que estaría integrada por el ministerio público, los representantes de las víctimas y la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH). La sentencia plantea re direccionar la investigación creando un mecanismo extraordinario de investigación. Realizó una revisión de los casos que ha resuelto la Corte Interamericana de Derechos Humanos (Corte-IDH) en casos de graves violaciones de los derechos humanos, donde se plantea la necesidad de crear comisiones de la verdad independientes del Estado para realizar investigaciones prontas, efectivas e imparciales. El fallo llegó en una coyuntura política propicia. Las madres y padres solicitaron al candidato presidencial para que expresara su compromiso con las víctimas. En aquel encuentro el candidato por Morena y otros partidos, expresó públicamente que crearía una Comisión de la Verdad con la coadyuvancia de la Organización de las Naciones Unidas (ONU) y la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH).
Después de varios meses de diálogo el nuevo gobierno no aceptó crear una Comisión como lo ordenaba la sentencia del Tribunal Colegiado de Circuito, más bien, planteó la creación de una Comisión para la Verdad y Acceso a la Justicia del Caso Ayotzinapa (Covaj), integrada por varias instancias de gobierno, incluyendo cinco padres y madres de los 43 y cuatro organizaciones de derechos humanos que acompañamos el caso Ayotzinapa. Para judicializar las investigaciones de la Covaj se creó, mediante acuerdo general de la Fiscalía General de la República (FGR), la Unidad Especializada para la Investigación y Litigación del Caso Ayotzinapa (UEILCA). Posteriormente el GIEI coadyuvó y supervisó las investigaciones y búsquedas. Este mecanismo extraordinario para acceder a la verdad y la justicia, representó para las madres y padres de los 43 un recurso efectivo para impulsar las investigaciones planteadas por el GIEI y de esta forma dar con el paradero de sus hijos. Los animaba el ambiente propicio que se gestaba en el nuevo gobierno al emprender sus acciones con la creación de la Covaj. Para las madres y padres era el fruto de una ardua batalla que habían enfrentado con el gobierno de Peña Nieto.
Con las investigaciones realizadas por el GIEI se recabaron datos que indicaban que el ejército estuvo al tanto de lo ocurrido con los estudiantes. Las pesquisas daban cuenta que elementos de este instituto armado dieron seguimiento puntual a los estudiantes desde su llegada a Iguala; constataron también que dos soldados estuvieron a cargo del Centro de Comando, Comunicación y Computo (C4) de Iguala. Desde ese lugar estuvieron al tanto en tiempo real de los movimientos de los estudiantes. Elementos del ejército arribaron a distintos escenarios donde los estudiantes eran agredidos, sin embargo, no les brindaron auxilio.
En junio de 2021, en una reunión que las madres y padres de los estudiantes sostuvieron con el presidente Andrés Manuel López Obrador, le reclamaron la negativa del ejército para dar información del caso y señalaron que a su juicio elementos del 27 batallón de infantería tenían responsabilidad en la desaparición de sus hijos, por lo tanto, exigían una investigación a fondo. El presidente de la república reaccionó con molestia y expresó que confiaba en el secretario de la Defensa Nacional, Luis Crescencio Sandoval, al final manifestó que instruiría al secretario para que diera toda la información. El acuerdo fue que se permitiría el GIEI acceder a los archivos militares.
Los del GIEI pudieron revisar los archivos militares de la novena región, de la 35 zona militar, del 27, del 41 y 50 batallones de infantería. Pese a la instrucción presidencial los expertos y expertas enfrentaron obstáculos. Los expedientes eran entregados de mala manera, incompletos, legajos que no contenían nada, incluso se dieron amenazas veladas. A pesar de estas limitaciones el GIEI encontró documentos relevantes que hablan del conocimiento que tuvo el ejército sobre los hechos del 26 y 27 de septiembre en Iguala, Guerrero. A pesar de la información incompleta el GIEI afirma que el ejército posee información sustantiva que puede contribuir al esclarecimiento de estos hechos. Da cuenta de que varios de sus elementos están implicados en la agresión de manera directa e indirecta, por ello si los mandos militares tuvieran voluntad de abrir todos los archivos y ponerlos a disposición de las autoridades habría posibilidades reales de esclarecer los hechos.
En la última reunión que las madres y padres tuvieron con el presidente de la república el pasado 20 de septiembre, la postura del jefe supremo de las fuerzas armadas se mantuvo en la misma tónica de defender al ejército. Expresó que el instituto armado ya entregó toda la información. Remarcó que no es cierto de que el ejército es responsable de negarse a entregar la información. Insistió que no faltan documentos. Lo que generó mayor desconcierto fueron las respuestas y las posturas que fijaron los funcionarios y funcionarias federales en la reunión del lunes 25 de septiembre en Palacio Nacional. La molestia y el enojo de las madres y padres se dio cuando la secretaria de Seguridad Pública y Protección Ciudadana, Rosa Isela Rodríguez, leyó el documento que envió el secretario de la Defensa Nacional donde manifiesta que no existe más información en los archivos del ejército y que ha cumplido con la instrucción del presidente de entregar toda la información. Posteriormente el subsecretario Encinas leyó el informe que hizo público el 27 de septiembre. Previamente la secretaria de gobernación, Luisa María Alcalde, leyó una carta que el presidente dirigió a las madres y padres de los 43 normalistas. El plan de los funcionarios federales era entregar a cada madre y padre de familia un paquete con los documentos que se leyeron como muestra de la buena disposición y compromiso de transparentar la información procesada y elaborada por las diferentes secretarías de Estado.
Todo se vino abajo cuando tomaron la palabra los padres de familia. Dejaron claro que no iban a recibir los documentos que habían leído, expresando con mucha contundencia su postura. Cuestionaron a la secretaria Rosa Isela de que se haya prestado para ser vocera del secretario de la Defensa Nacional. Les pidieron a los funcionarios más respeto porque todo lo que leyeron dista mucho de los avances que hay en las investigaciones sobre la desaparición de los 43 estudiantes y la responsabilidad que tiene el ejército. Reclamaron por qué no da la cara el general Crescencio, cuando es el más indicado para responder a la exigencia que plantearon al presidente de la república. Preguntaron con enojo ¿acaso el secretario es más que el presidente? Queremos que nos diga por qué no quieren entregar la información. Al subsecretario Encinas le reclamaron el contenido del informe que leyó. Le dijeron claramente que su narrativa se parece más a la verdad histórica del gobierno anterior. Lo peor de todo es que criminalizan a los estudiantes y trivializa los hechos como parte de una pugna que existe entre grupos del crimen organizado. Lo insólito es que excluye de toda responsabilidad al ejército y no toma en cuenta las nuevas líneas de investigación que involucra a elementos militares como parte de esta trama delincuencial. Esta postura firme y enérgica de las madres y padres dejó trunco el diálogo. Dijeron que se levantaban de la mesa y que valorarían la postura del gobierno y las acciones que tomarían. En su campamento instalado afuera de la puerta número 1 acordaron prolongar su plantón hasta el 28 de septiembre.
El segundo informe de Alejandro Encinas no varió en su contenido, sólo resaltó que la verdad histórica fue una construcción del gobierno federal en la que participaron Enrique Peña Nieto, Miguel Ángel Osorio, Jesús Murillo Karam, Salvador Cienfuegos, Vidal Francisco Soberón, Eugenio Imaz, Aurelio Nuño, entre otros. También participaron en esta junta de autoridades el gobernador Ángel Aguirre Rivero, el coordinador de asesores Ernesto Aguirre, el secretario de Seguridad Pública Leonardo Vázquez, el Procurador General de Justicia, Iñaki Blanco. A pesar de tantos desaires y desencantos con los funcionarios de la 4T, las madres y padres no cejarán en su lucha para conocer la verdad sobre el paradero de sus hijos. Continuarán dando la batalla, exigiendo al presidente López Obrador que emplace al ejército para que entregue toda la información. Continuarán en el diálogo que se ha institucionalizado con la Covaj tomando en cuenta la postura que asumió el subsecretario Encinas, de que seguirán investigando y buscando la información que los padres piden. Les alienta saber que el presidente manifieste que seguirá la investigación sobre Ayotzinapa y que se reunirá en cuanto le hagan llegar más datos sobre los avances de esta indagatoria. No cederán ni un ápice en su postura infranqueable, de que el ejército entregue toda la información que tienen en sus archivos. Seguirán vivas y pujantes las batallas que han dado las madres y padres más allá de este sexenio.